Para la construcción del Índice de Ciudades Universitarias, se tuvieron en cuenta 13 capitales que hacen parte de la Red de Ciudades Cómo Vamos: Bogotá, Barranquilla, Medellín, Cali, Cartagena, Bucaramanga, Cúcuta, Pereira, Manizales, Ibagué, Quibdó, Santa Marta y Armenia. Se utilizaron datos correspondientes a los años 2014, 2015, 2016 y 2017. Con esto se construyó una base de datos de 52 registros, con la cual se procedió a la construcción del índice.

La estructura del indicador se definió en cinco dimensiones, cada una de las cuales corresponde a un aspecto relevante para la selección de una ciudad como lugar para estudiar en el nivel universitario: Calidad de la educación superior, Ambiente universitario, Costo de vida, Calidad de vida y Empleabilidad de egresados. En la construcción del índice final, las dimensiones de Calidad de la Educación Superior y Empleabilidad de egresados fueron ponderadas con 25%, las de Ambiente universitario y Costo de vida, con 20% y la de Calidad de vida con 10%.

Desde la primera versión del índice estas ponderaciones se obtuvieron como resultado de un análisis de varianzas en cada una de las dimensiones y a nivel conjunto y un proceso de consulta con expertos de la Red Cómo Vamos, lo que dio como resultado el conjunto de ponderaciones presentado. Para la segunda versión se realizó una revisión de estos dos aspectos, considerando que los ponderadores originales mantienen su vigencia, por lo que éstos se mantuvieron iguales para esta versión.